Klasztor w Kladrubach jest jednym z najstarszych klasztorów czeskich. Założony został w 1114 roku przez księcia Władysława w miejscu, które już od dłuższego czasu było znanym centrum wiary, kultury i gospodarki zachodniej granicy państwa czeskiego. Romańską bazylikę trójnawową, w pewnym okresie najwyższą w Czechach, dokończono w 1233 roku. Obecnie, ze względu na swoje rozmiary, jest również zaliczana do trzech największych katedr czeskich. Obiekt stopniowo zasłynął swoim bogactwem, potęgą i znaczeniem. Nieraz gościł tu cesarz Karol IV.
W okresie rewolucyjnego ruchu husyckiego w 1421 roku klasztor zdobyty został przez Jana Žižkę z Trocnova, zakonnicy zdążyli jednak uciec do Řezna zabierając ze sobą najcenniejsze rzeczy. Na początku XVI wieku odnowiony kościół ponownie poświęcono. Okres rozkwitu nie trwał jednak długo, ponieważ w 1590 roku Kladruby objął pożar, podczas którego spaliły się wszystkie budynki klasztorne. W trakcie wojny trzydziestoletniej klasztor został kilkakrotnie zdobyty i ograbiony. Remont przeprowadzono już w 1653 roku. Odnowiono wtedy kościół klasztorny Marii Panny, zbudowano starą prelaturę oraz dokończono rekonstrukcji konwentu. Współczesny wygląd obiektu pochodzi z lat trzydziestych XVIII wieku, kiedy to kościół klasztorny przebudowany został przez Giovanniego Santini w stylu gotyki barokowej. Santini nakazał zburzyć wieżę kościoła i zastąpił ją wysoką kopułą zakończoną latarnią, która uzupełniona jest złotą koroną książęcą. Symbolizuje ona fakt, iż w kościele pochowany został założyciel klasztoru – książę Władysław. Kościół Marii Panny dobudowano w 1726 roku. Powstały nowy konwent i nowa prelatura, dzięki czemu teren klasztoru ciągle się rozrastał. Budowa ukończona została w 1770 roku, jej autorem był prawdopodobnie Kilian Ignacy Dientzenhofer. Piętnaście lat później klasztor zlikwidowano na mocy reform józefińskich. Na terenie obiektu powstał szpital, koszary, dom dla inwalidów wojennych i browar. W 1825 roku posiadłość wykupił w drodze licytacji marszałek polny Alfred Windischgrätz. Kladruby należały do jego potomków aż do roku 1945, później stały się własnością państwa.
W jego murach dokonały się pełne utrapienia, ostatnie dni wikariusza arcybiskupiego Jana z Pomuk - Jana Nepomucena, kanonizowanego w XVIII wieku. Figury tego najbardziej lubianego świętego czeskiego, zdobią obecnie prawie każdy most wiejski. Jan z Pomuk, uwikłał się w konflikty między arcybiskupem praskim Janem z Jenštejnu a królem Wacławem IV. Król pragnął osłabić pozycję arcybiskupa praskiego, poprzez ustanowienie nowego biskupstwa, do którego należeć miały posiadłości w Kladrubach. Po śmierci opata kladrubskiego chciał powołać na jego miejsce jednego ze swoich zwolenników. Przeciwnicy króla pokrzyżowali jednak jego plany, ponieważ po śmierci opata szybko wybrali, nowego opata, którego wikariusz Jan z Pomuk natychmiast zaaprobował. Z tego powodu wyniknął ostry konflikt w polityce wewnętrznej, w wyniku którego wypędzono arcybiskupa, a Jana z Pomuk skazano na tortury, po których zwolennicy króla zrzucili go półżywego z Mostu Karola do Wełtawy. W klasztorze znajduje się wystawa dotycząca historii Benedyktynów, zbiór rzeźb M. B. Brauna oraz wczesnogotycka madonna Kladrubska. W klasztornym kościele odbywają się koncerty.
