Il castello Krumlov fu costruito nel XIII secolo, in prossimità del guado del fiume Moldava, dai signori di Krumlov, facenti parte della famiglia nobile boema dei Vítkovci. Nel 1302 il castello passò di proprietà alla famiglia Rožumberk (Rosenberg) e divenne la loro sede principale. Vilém di Rožumberk (Guglielmo di Rosenberg) decise di ristrutturare il castello, sotto la guida di maestri italiani, e lo trasformò nel centro culturale, sociale e anche economico dell‘esteso dominio dei Rožumberk. Petr Vok Rožumberk vendette il castello per problemi economici a Rudolf II Habsburský, che però non lo abitò mai. Suo cugino, l‘imperatore Ferdinando II lo regalò al finanziere Jan Oldřich di Eggenberg. Altre aggiunte al castello furono realizzate in stile barocco da Jan Kristián di Eggenberk alla fine del XVII secolo, quando furono costruite le imponenti scale e il teatro e vennero creati i giardini.
Dopo la scomparsa degli Eggenberk, la proprietà venne ereditata dalla famiglia Schwarzenberk. Unendo le proprietà di queste due nobili famiglie Krumlov divenne un dominio esteso, che ricordava la fiorente epoca dei Rožumberk. Altre modifiche in stile barocco e rococò furono realizzate ai tempi di Josef Adam di Schwarzenberk. Egli fece modificare gli spazi delle sale degli specchi e delle maschere, decorate con dipinti rococò da Josef Lederer. Il teatro fu ricostruito e arricchito da opere di pittori viennesi, di costumi e maschere teatrali del XVIII secolo. Il giardino fu ricostruito seguendo il modello dei giardini di Bellaria e vennero anche realizzati un padiglione musicale e un ippodromo.
Dopo un periodo di abbandono alla fine del XVIII secolo, il castello subisce una nuova rinascita di cui è artefice il principe Adolf Josef di Schwarzenberk, e nel 1900 si decide di aprire al pubblico una parte delle camere di rappresentanza. Nel 1940 la proprietà degli Swanrzenberk fu confiscata dalla gestapo e, dopo la guerra il castello divenne di proprietà dello stato e di nuovo riaperto al pubblico.
Dal 1992, tutto il complesso storico fa parte dell‘elenco dell‘eredità mondiale UNESCO.
