Prága területén a legkülönfélébb stílusú és jelentőségű egyházi műemlékek találhatóak. A Szent Vitus-, Szent Vencel- és Szent Adalbert-székesegyház Prága legismertebb egyházi emlékei, a város jellegzetes, meghatározó építményei. Amikor Prága püspöki rangját érsekire emelték, IV. Károly a két egykori templom helyén kezdte meg a királyság fő székesegyházának építését. A francia típusú gótikus katedrális vezető építészei Arrasi Mátyás és Petr Parléř voltak. Az építkezés a 15. század elejéig tartott, ezután több száz évre abbamaradt. Befejezésére a munkálatok megkezdése után közel hatszáz évvel, az erre a célra alakult egyesületnek köszönhetően került sor. A templom ünnepélyes felszentelésére Szent Vencel napján, a fejedelem halálának ezredik évfordulóján került sor. A katedrális legszentebb helye a Szent Vencel-kápolna, ahol a cseh koronázási ékszereket is őrzik. A kápolna alsó részét féldrágakövek és IV. Károly korabeli freskók borítják. A székesegyház nemcsak királyi kincstár, hanem az uralkodók temetkezési helye is. Itt nyugszik a cseh és az európai történelem számos jelentős személyisége.
A leghíresebb, külföldön is legismertebb cseh zarándokhely a Győzedelmes Boldogasszony temploma. Ez a kora barokk templom a Kisoldalon (Malá Strana), a Karmelita utcában található. A zarándokok elsősorban a templom jobb oldali oltárán található ezüstszekrényben lévő Prágai Kis Jézus szobrát keresik fel, melyet az egész világon Bambini di Praga néven ismernek. „Ruhatára” számos díszesen hímzett, sokszínű palástból áll. Legértékesebb közülük a Mária Terézia által saját kezűleg hímzett ruhácska. A Spanyolországból származó reneszánsz viaszszobrocskát Lobkovic Polixénia ajándékozta a karmelitáknak.
Prága legrégebbi kolostorai a benedek rendi břevnovi kolostor, a premontrei rendhez tartozó strahovi kolostor és a kapucínusok barokk harangjátékáról és kincstáráról ismert Loreto-kegyhelye. További jelentős egyházi műemlék még a kisoldali Szent Miklós-templom, melyet a két Dientzenhofer – apa és fia – épített; a hatalmas barokk épületegyüttes, a majdnem kétszáz évig épülő volt jezsuita kolostor, a Klementinum, valamint a huszitizmus és cseh reformáció jelképe, a Betlehemi-kápolna, ahol a 15. század elején Husz János prédikált.
A prágai zsidónegyedben található a Régi zsidótemető, a városháza, a halottas ház és hat zsinagóga: a Régiúj, a Pinkász-, a Maisel-, a Spanyol, a Klaus- és a Magas. A zsidónegyed a 13. században keletkezett, de mai képét a 19. és 20. század fordulóján lezajlott nagyszabású városrendezés következtében nyerte el. Annak ellenére, hogy a prágai zsidóság több száz éves történelmének csak néhány jelentősebb emlékét sikerült megőrizni, mégis ez Európa legépebben megmaradt zsidó emlékegyüttese.
